Na de capitulatie van Japan ontvoert in Jakarta de Molukse student Dominggus Radja Da Costa Makakea Poeta samen met een groepje revolutionaire jongeren de verzetsleiders Sukarno en Hatta. Zij dwingen Sukarno de Republik Indonesia (RI) te proclameren. Het Nederlands bewind keert terug in Indië en voert twee oorlogen tegen de RI. Dominggus, zijn broer Paulus en honderdduizenden andere Indonesiërs zetten zich gewapenderhand in om het voortbestaan van de jonge RI. te garanderen. Martin, zijn oudste broer, dient als officier bij het vijandelijke Koninklijk Nederlands-Indisch Leger (KNIL). Bij de strijd om de onafhankelijkheid van Indonesië komen de broers tegenover elkaar te staan. Mochtar, zijn wapenbroeder, strijdt eerst in Nederland samen met andere Indonesische, ondergrondse verzetsstrijders tegen de Duitsers. Na de bevrijding van Nederland vecht hij in Indonesië als vrijheidsstrijder tegen het Nederlands leger. Tijdens de slag om Surabaya krijgt Dominggus een relatie met Surabaya Sue, de Amerikaanse journaliste van Radio Pemberontak. Hij vlucht, na de val van Yogyakarta, samen met opperbevelhebber Sudirman de bergen in. Gedurende de lange mars door Java sluiten duizenden guerrilla's zich bij hen aan. Commando's van het Nederlandse Korps Speciale Troepen krijgen het bevel om Sudirman te liquideren. De hierna volgende gebeurtenissen leiden tot een tragische situatie waar Dominggus en zijn beide broers uiteindelijk slachtoffer van worden. De schreeuw van de Adelaar is een roman over de Indonesische onafhankelijkheidsstrijd, maar ook over liefde en verraad en ongebreidelde hartstocht.