Damascus in de jaren vijftig van de vorige eeuw. Nura, een mooie jonge vrouw, ontvlucht met haar minnaar Salman haar verstikkende huwelijk. Zij zet daarmee haar leven op het spel, want zij is een moslima en Salman een christen. Maar Salman is haar grote liefde, het tegendeel van haar echtgenoot, de kalligraaf Hamid Farsi. Deze heeft allang iedere belangstelling voor haar verloren, hij houdt zich alleen nog bezig met de modernisering van het Arabische schrift. Maar daarmee rijdt hij allerlei politieke en fanatiek religieuze partijen in de wielen. Zijn tegenstanders smeden in alle rust een complot om hem voorgoed tot staan te brengen. En al die tijd is Hamid zich van geen gevaar bewust. Rond Hamid, Nura en haar minnaar Salman schept Rafik Schami een prachtig panorama van grotere en kleinere verhalen over onvergetelijke figuren. Het zijn mensen van vlees en bloed, met hun goede en hun slechte kanten, en ze worden door Schami vol sympathie en zonder oordeel beschreven. Dat maakt Het geheim van de kalligraaf tot een meeslepende vertelling over de wereld van het Midden-Oosten met zijn politieke en religieuze conflicten, over de geheimen van woord en taal, maar bovenal tot een grootse liefdesgeschiedenis van een moslima en een christen. Een onwaarschijnlijk gerucht doet de ronde in de steegjes van de oude stad: Nura, de mooie vrouw van de beroemde kalligraaf Hamid Farsi, is gevlucht. Waarom heeft zij een leven, waar velen haar om zouden benijden, achter zich gelaten? Of is ze ontvoerd door de tegenstanders van haar echtgenoot? Als jonge man al werd Hamid Farsi geëerd als wonderkind van de kalligrafie, volgens hem de zuiverste uitdrukking van de Arabische poëzie. Maar in de loop van de tijd ontdekt hij ook de zwakke kant van de Arabische taal, die niet toereikend is voor de moderne wereld. In het geheim ontwikkelt hij plannen voor een radicale hervorming van de Arabische taal, zonder te vermoeden in welk gevaar hij zich daarbij begeeft. Verbeten stort Hamid Farsi zich op zijn werk en op zijn grote droom de taalveranderingen te verwezenlijken. Nura weet niets van de plannen. Zij kent alleen zijn afwijzende, gierige kant, voor haar is hij de man die haar na de huwelijksnacht heeft gedegradeerd tot huishoudster. Geen wonder dat ze zich gevleid voelt door de aandacht van een slimme, jonge leerling uit de werkplaats van haar echtgenoot. Daarmee begint een even gepassioneerde als gevaarlijke liefdesgeschiedenis.