Willem Godschalck van Focquenbroch werd op 26 april 1640 gedoopt in de Oude Kerk te Amsterdam. Zijn vader Paulus van Focquenbroch kwam uit een Antwerpse familie van kleine kooplieden, zijn moeder Catharina Sweers was de dochter van een uit Antwerpen afkomstige 'huystimmerman'. Janneke en Paulus jr., oudere kinderen uit dit huwelijk, zijn waarschijnlijk jong gestorven. Willems jongere broer Jacobus vestigde zich later als arts te Alkmaar.

Focquenbroch sr. moet een redelijk bemiddelde handelaar zijn geweest. Zo kocht hij in 1644 De Zilveren Doornenkroon, een huis aan de Sint Anthoniesbreestraat (het vijfde vanaf het huis van de schilder Rembrandt), voor 9800 gulden. Later kwam hij waarschijnlijk in liquiditeitsproblemen, en verhuisde de familie naar de Oudezijds Voorburgwal en later naar het Singel. Beide ouders overleden in 1666.

Over Focquenbrochs schoolopleiding is niet veel bekend. Wellicht heeft hij de Latijnse school van Jacobus Heyblocq, die een verre verwant van hem was, bezocht. Focquenbroch schreef ook in zijn album amicorum. Een van zijn bijdragen is het gedicht 'Aen Mijn Heer Jacob Heijblock; Op sijn versoeck om een Vaersjen'.

Hoewel er geen inschrijving aan die universiteit gevonden is, moet Focquenbroch aanvankelijk in Leiden zijn gaan studeren. Hij deed dit als bursaal van het 'Fonds Rombouts' aan het Waals college; bij prof. Johannes Hoornbeek hield hij in 1661 de Disputatio Theologica De Promissis V.T. [Veteris Testamenti], waarin hij de orthodoxie tegen het Socinianisme verdedigt.

Op 29 maart 1662 schrijft Focquenbroch zich in bij de Universiteit van Utrecht, waar hij 10 juni van hetzelfde jaar al bij Regius promoveert tot doctor in de medicijnen. Zijn proefschrift droeg de titel De lue venerea (Over geslachtsziekte), in die jaren een gangbaar onderwerp voor een medische dissertatie. Van deze disseratie is tot dusverre geen exemplaar bekend.

Over een eigen praktijk van Focquenbroch zijn geen gegevens bekend. Pas in 1668, twee jaar na de dood van zijn ouders, heeft Focquenbroch aantoonbaar inkomsten als armendokter in dienst van de diakonie. Hiermee verdiende hij 150 gulden per jaar. Wanneer Focquenbroch alleen hiervan heeft moeten rondkomen, zou hij zich nauwelijks in leven hebben kunnen houden.

Focquenbroch heeft in 1668 Nederland verlaten. Na sollicitatie bij de Amsterdamse kamer van de West-Indische Compagnie had hij op 23 april de functie van fiscaal gekregen, een soort douane-ambtenaar en commissaris van politie. Zijn voornaamste taak was het opbrengen van de zogenaamde 'lorredraaiers', schepen die handel dreven in strijd met het monopolie van de W.I.C., en verder moest hij de orde onder het personeel van de W.I.C. handhaven. De verdiensten waren goed en er was een aantrekkelijke premie van 1/3 van de geconfisqueerde goederen. Dit laatste was voor Focquenbroch een belangrijke reden om dit ambt te ambiëren. Zijn standplaats aan de kust van Guinee was het voormalige Portugese fort 'Saô Jorge da Mina' dat later 'Elmina' genoemd werd. Hier was hij, zoals hij zelf zei "de tweede persoon van een kleyn koninckrijk", in rang direct onder de directeur-generaal. (De vorige Jan Valkenburg was overleden, zijn opvolger is nog onbekend.)

Op 17 juli 1668 vertrok Focquenbroch met het schip De Gideon van Texel naar Elmina. Zijn neef Philip van Heeden, die al eerder als koopman in de koloniën had gewerkt, vergezelde hem. Uit de brieven[1] die hij vanuit Guinee schreef, blijkt dat Focquenbroch zich erg eenzaam voelde, vooral na de dood van zijn neef Philip begin 1669. Ziektes waren aan de orde van de dag in Elmina en Focquenbroch moest regelmatig voor andere functionarissen invallen. In de maanden april tot en met juli van het jaar 1670 woedde er een hevige epidemie in de handelspost. Van deze epidemie is Focquenbroch hoogstwaarschijnlijk ook het slachtoffer geworden. Er zijn aanwijzingen, dat Focquenbrochs overlijden in een missive die op 14 juli 1670 gedateerd was, aan de W.I.C. werd gemeld. De missive zelf is echter verloren gegaan.