Après des études classiques au lycée Michel-Montaigne à Bordeaux, il obtient sa licence de philosophie, puis passe six années en poste dans l’Education nationale. En 1955, il choisit le journalisme et entre à la Dépêche du Midi à Toulouse. Il y est chargé des chroniques artistiques, puis de la création et de la direction d’un supplément hebdomadaire consacré aux arts et aux spectacles.
La rencontre d’historiens tels que Jean Duvernoy et René Nelli le sensibilise à l’histoire du Pays d’Oc et à sa culture, tout particulièrement à la civilisation des troubadours et au grand drame occitan du xiiie siècle : hérésie cathare, croisade albigeoise, Inquisition. Il entreprend alors des études d’Histoire médiévale et publie en 1966, avec le photographe Christian Soula, son premier ouvrage, « Citadelles du Vertige », sur les vestiges des châteaux forts du pays cathare.
C’est ensuite, en 1970, le premier tome de L’Épopée cathare, qui obtient le Grand prix d’Histoire de l’Académie française (Grand Prix Gobert). Le second tome paraîtra en 1977, mais trois autres doivent suivre. Alors, en 1983, Michel Roquebert prend sa retraite de journaliste pour se consacrer à ses travaux historiques, et se retire dix années durant dans le village même de Montségur où, de 1983 à 1990, il préside le Groupe de Recherches Archéologiques de Montségur et des environs (G.R.A.M.E.). Il initie sur le célèbre site d’importants travaux, en particulier le dégagement de la base de la grande façade sud du château, afin qu’elle retrouve son élévation d’origine. C’est d’ailleurs à l’histoire et à l’archéologie de Montségur qu’est consacré en son entier le quatrième tome de L’Épopée cathare.
Le cinquième et dernier volet de celle-ci paraît en 1998, ce qui met un point final à un monumental corpus de plus de 3 000 pages consacré à l’histoire du xiiie siècle occitan, à l’implantation réelle de l’hérésie cathare, à sa sociologie, et à sa répression, d’abord par les armes (la croisade de 1209-1229) puis, du fait de l’insuccès de la guerre, par ce système à la fois policier et judiciaire créé en 1234 pour les besoins de la cause, l’Inquisition.
Michel Roquebert s’est par la suite attaché à deux grandes figures dont le destin fut étroitement lié à l’histoire du catharisme occitan et qui le combattirent, l’un par les armes, Simon de Montfort, le chef de la croisade albigeoise ; l’autre par la parole, le religieux castillan Dominique de Guzmán, qui fonda à Toulouse l'Ordre des frères prêcheurs et dont l’Église fit saint Dominique.
Élu en 1968 membre correspondant, puis, en 1971, membre titulaire de la Société Archéologique du Midi de la France, Michel Roquebert est depuis 2001 membre correspondant de l’Académie des Sciences, Inscriptions et Belles Lettres de Toulouse. Il a été reçu mainteneur à l'Académie des Jeux floraux le 16 janvier 2011.
Il a été membre du Conseil d’administration du Centre d'études cathares de Carcassonne, de 1985 à la disparition de cette association en 2011. Il est président d'honneur de l'Association d'études du catharisme - René Nelli, fondée en 2011.