In november 1815 gaf Groot Brittannië de veroverde Oost-Indische gebieden terug aan Nederland. In datzelfde jaar werd de Koloniale Marine opgericht ter verdediging van de immense Archipel. Toen alras bleek dat dit Indische deel van de Nederlandse vloot totaal niet voor zijn taak berekend was, brachten de Residenten op eigen gezag een inheemse strijdmacht van bewapende kruisprauwen in de vaart om de zeeroof te beteugelen, het gezag te handhaven en de Gouvernementsgoederen en -ambtenaren te kunnen vervoeren.

Koning Willem III gaf in 1861 deze vloot een officiële status en noemde hem 'Gouvernements Marine'. Het gehele takenpakket van de inmiddels opgeheven Koloniale Marine werd overgedragen aan de Gouvernements Marine, die daarmee zowel militaire als burgerlijke diensten uit moest voeren. In de periode daarna is voortdurend gepoogd de militaire aspecten van de GM over te dragen aan de oorlogsschepen van de marine; eerst aan het zogenoemde 'Auxiliair Eskader', later aan de 'Indische Militaire Marine'. De GM zelf zou dan het civiele deel voor zijn rekening nemen ter uitoefening van een goed en krachtig bestuur. Maar in feite veranderde er niets; de schepen, inmiddels ijzeren vaartuigen met stoomvoortstuwing, bleven bewapend, bleven troepen vervoeren, bleven mijnen leggen en bleven tenderen voor de onderzeeboten en de watervliegtuigen van de Koninklijke Marine. In tijden van gevaar werd overgeschakeld op militarisatie van de vloot en het oproepen in werkelijke militaire dienst van het gehele personeel. Zo geschiedde ook in september 1939; de witte schepen werden grijs geschilderd, de oorlogswimpel in de achtermast gehesen, de marinegeus op de boeg en met 58 schepen trokken Harer Majesteits Gouvernementsstomers op tegen een oppermachtige Japanse tegenstander. In de oorlog van de 100 dagen, tussen 8 december 1941 en 8 maart 1942, verloor de Gouvernements Marine 54 schepen. Vier schepen zagen kans uit te wijken en zetten hun oorlogstaak voort in de Indische Oceaan en in de Australische wateren.

Na de oorlog vormden zij de kern van een snel uit geallieerde voorraden opgebouwde scheepsmacht, die gedurende de politionele acties in Nederlands-Indië tekende voor de amfibische landingen en de zee- en kustbewaking, die in samenwerking met de Koninklijke Marine werd uitgevoerd. De Gouvernements Marine overleefde de souvereiniteitsoverdracht van december 1949 door met één schip naar Nederlands Nieuw-Guinea uit te wijken en in samenwerking met de aldaar reeds gestationeerde Gewestelijke Vaartuigen de civiele taken te continueren tot 1 oktober 1962.