twee deelen van Merula's geschiedwerk zijn door hem aangeboden, maar zijn op onnaspeurlijke wijze uit het archief der Staten verdwenen. Evenmin uitgegeven zijn de twee deelen van eene geldersche geschiedenis, die Merula als geschiedschrijver van Gelderland, (sinds 1597 -ND), voor de pers gereed had gemaakt. Het is echter gebleken, dat Joh. Is. Pontanus voor zijne Historia Gelriae Merula's handschrift geheel tot grondslag heeft genomen, zonder dit mede te deelen, terwijl hij bovendien het grootste nut heeft gehad van de talrijke stukken, voor het geheele werk door Merula bijeengebracht. (...) Behalve classicus, jurist en historicus was Merula nog beoefenaar van andere wetenschappen, zooals van de geographie, die in zijn tijd in eere kwam; zijn Cosmographiae generalis libri tres, item Geographiae particularis libri quatuor etc. (Amst. 1605, 1621 en 1636) is het eerste werk van beteekenis, dat in de noordelijke Nederlanden op dit gebied verscheen. Eene bijdrage tot de germaansche philologie was zijne uitgave: Willerami Abbatis in Canticum Canticorum paraphrasis genuina, prior rythmis Latinis, altera veteri lingua Francica; addita explicatio lingua Belgica et notae quibus veterum vocum Francicarum ratio redditur (Lugd. Bat. 1595) (de Maatschappij der Ned. Letterk. bezit een exemplaar met aanteekeningen van van der Wilp), welk werk trouwens in hoofdzaak geschreven is door Merula's vriend Pancratius Castricomius. Ten onrechte is Merula beschuldigd van letterkundige vervalschingen in zijne Ennius-uitgave (Ennii Annalium, quae apud varios auctores supersunt fragmenta, Lugd. Bat. 1595), waarin hij fragmenten zou gevoegd hebben, die door hem zelf verzonnen waren. Evenmin gegrond bleek de twijfel aan Merula's betrouwbaarheid ten opzichte van enkele afwijkende voorstellingen in zijne uitgave: Vita Erasmi, ex ipsius manu fideliter repraesentata etc. (Lugd. Bat. 1607), alsmede in de bekende Historia tragica, de beschrijving van het martelaarschap van Angelus Merula. (...) In plaats van gewantrouwd te worden, werd Merula door al zijne tijdgenooten geacht, zijne werkkracht wordt eenstemmig geroemd, hetgeen in overeenstemming is met het groot aantal door hem uitgegeven werken, terwijl bij zijn dood nog verschillende handschriften aangetroffen werden, die ten deele later het licht zagen.'(S.P. HAAK in Nieuw Nederlands biografisch woordenboek, deel 2, pp.903-904).