Pas laat in de geschiedenis van de biologie heeft men de reptielen onderscheiden als een natuurlijke groep van verwante organismen, een van de vijf klassen van de gewervelde dieren. Aristoteles, niet alleen befaamd als filosoof, maar ongetwijfeld ook de grootste zoöloog van de Klassieke Oudheid, beschikte over een verrassend grondige en uitgebreide kennis van gewervelde en ongewervelde dieren. Hij beschouwde de slangen als een aparte groep en vatte de overige reptielen, voor zover ze hem bekend waren, samen met de amphibiën. Na Aristoteles werd eeuwenlang weinig aan onze kennis van de natuurwetenschap in het algemeen en aan die van de dierkunde in het bijzonder toegevoegd. De Romein Plinius, wiens zoölogische werken lange tijd toonaangevend waren, is meer van belang als verzamelaar van wonderlijke verhalen dan als wetenschappelijk onderzoeker.
Onze kennis van reptielen is vooral sinds het begin van de negentiende eeuw in duizelingwekkende vaart toegenomen. Het aantal beschreven soorten is met vele vermeerderd. De bouw en de embryonale ontwikkeling van vele reptielen zijn grondig bestudeerd. De omwenteling die door Darwin's evolutieleer in de biologie werd teweeggebracht heeft ook voor de kennis van de reptielen belangrijke consequenties gehad. Onze inzichten in de verwantschapsbetrekkingen tussen verschillende groepen van reptielen en tussen reptielen en andere gewervelde dieren zijn sindsdien veel verhelderd.