Het boek vertelt over de lotgevallen van een aantal slaven in en om een plantage in de Amerikaanse staat Kentucky.

Er zijn twee verhaallijnen: het verhaal van Oom Tom, die uiteindelijk belandt op de katoenplantage van Legree en het verhaal van George en Eliza, die met hun zoontje ontsnappen naar Canada.

Het verhaal begint op het moment dat hun leven ruw verstoord wordt door de financiële situatie van de Shelby's, die zich gedwongen zien Oom Tom en Eliza's zoontje Harry te verkopen aan de slavenhandelaar Haley. Eliza slaagt erin om met haar zoontje te vluchten, waarna ze bij de senator Bird belandt, die haar verder helpt. Intussen vlucht ook Eliza's man George Harris: hij is slaaf van een andere eigenaar en wordt door zijn meester mishandeld. Eliza en George besluiten samen naar Canada te gaan. Ze worden achtervolgd door Tom Loker, een slavenjager die door Haley is ingehuurd. Bij een achtervolging raakt Loker gewond door een val in een ravijn, waarna Eliza en George hem voor verzorging bij de Quakers brengen.

Oom Tom wordt bij zijn vrouw Chloe en zijn kinderen weggehaald. Hij verzet zich niet tegen de verkoop. Hij wordt meegenomen in een boot over de Mississippi, in de richting van de gevreesde katoenplantages. Op de boot sluit hij vriendschap met de kleine Eva, die haar vader Augustine St. Clare overhaalt om Tom te kopen. Bij de St. Clares wordt Tom goed behandeld: hij krijgt een eigen kamer, mag zijn bijbel, die hij uit Kentucky heeft meegenomen, houden en mag een brief naar zijn familie schrijven. Tom ontwikkelt een zeer hechte band met Eva, een erg vrolijk en teerhartig meisje dat net als Tom erg gelovig is en medelijden heeft met alle slaven. Eva heeft een zwak gestel en sterft op een gegeven moment door uitputting, waarna Tom zich meer dan voorheen gaat bekommeren om zijn nu zwaar depressieve meester, met wie hij eveneens een goede band heeft opgebouwd. Augustine is door de dood van zijn dochter tot nieuwe inzichten gekomen en belooft Tom snel vrij te zullen laten, maar sterft korte tijd later nadat hij bij een vechtpartij in een café een dolksteek heeft gekregen. Tom en de andere slaven van de St. Clares zijn nu overgeleverd aan Augustines weduwe Marie, een harteloze en onverbiddelijke vrouw die besluit hen allemaal te verkopen. Hiermee is voor Tom alle hoop om snel weer bij zijn familie in Kentucky te zijn dus weer vervlogen. Voordat Tom wordt verkocht, wil Ophelia toch nog iets voor hem doen en ze schrijft daarom een brief aan de Shelby's.

Na de veiling in het slavenmagazijn belandt Tom samen met het meisje Emmeline bij de zeer wrede plantagehouder Simon Legree, die zijn slaven op de ergst denkbare manieren behandelt. Hoewel Tom een goede en gehoorzame kracht is, weigert hij om op bevel van Legree een andere slaaf af te ranselen, waarna Tom zelf wordt afgetuigd door Legrees knechten Sambo en Quimbo. Later verzwijgt Tom tegenover Legree hoe Cassy – een vrouw die door Tom werd geholpen bij het katoenplukken en die hem verzorgde toen Tom was afgetuigd – en Emmeline de plantage van Legree zijn ontvlucht. Uitzinnig van woede laat Legree Tom deze keer dusdanig martelen dat Tom – na eerst al zijn vijanden te hebben vergeven - enkele dagen daarna sterft. Sambo en Quimbo krijgen berouw van hun daden. Inmiddels is George Shelby, de zoon van de inmiddels overleden plantagehouder, naar aanleiding van de brief van Ophelia afgereisd naar New Orleans om Tom te zoeken. Hij is nog net op tijd op de plantage van Legree om zijn oude vriend levend aan te treffen. Tom sterft, George begraaft hem in een zandheuvel en keert terug naar Kentucky om het slechte nieuws te vertellen. George' vader is inmiddels overleden, de plantage is van George, en George besluit al zijn slaven vrij te laten; hij is zo verontwaardigd door wat hij heeft gezien, dat hij zich nu volledig van de slavernij wil afkeren.

Na hun geslaagde vlucht ontmoeten Cassy en Emmeline op de boot de zus van George Harris, Emily. Met z'n drieën reizen ze naar Canada, waar Cassy ontdekt dat Eliza haar dochter is die vroeger is verkocht. Nu de familie is verenigd reizen ze door naar Frankrijk en vervolgens naar Liberia, waar ook de verkochte zoon van Cassy wordt teruggevonden.

De titel van het boek wordt aan het einde verklaard: George Shelby wijst naar de hut waar Oom Tom woonde voordat hij verkocht werd. Hij beschouwt het huisje als een monument voor de trouwe slaaf.