De afgelopen jaren kwamen oneindig veel misstanden in de katholieke kerk aan het licht. Duizenden slachtoffers van seksueel misbruik door geestelijken kwamen naar buiten met het geheim dat zij een leven lang met zich mee hadden gedragen. Maar er is meer: de handel en wandel van pastoors, priesters en bisschoppen blijkt niet altijd zo rechtschapen als men op basis van hun geloof zou verwachten.

Als eind jaren zeventig het kerkbeleid steeds meer luistert naar de wensen van de tijd, wordt Jo Gijsen aangesteld om als bisschop de harde lijn weer terug te brengen. Hij kiest nauwgezet een groep volgelingen om die lijn te volgen. Deze groep priesters ¿ waaronder Joep Haffmans en Gerard Hover ¿ predikt op de kansel fanatiek tegen homoseksualiteit, echtscheidingen en euthanasie. Zelf blijken ze zich echter niet veel aan te trekken van wat ze zeggen. In Gods naam laat het ontaarde leven van pastoor-deken Joep Haffmans zien. Een leven vol luxe auto¿s, relaties met mannen en vrouwen, buitensporig drankgebruik, vele plezierreisjes en misbruik van geld uit de armenkas van zijn parochie. Elvira Herczeg was de laatste tien jaar van Haff mans leven zijn heimelijke vriendin. Aan de hand van onder andere haar getuigenissen wordt duidelijk hoe de flamboyante pastoor-deken zich steeds meer in de nesten werkt en uiteindelijk door de politie als verdachte wordt verhoord, omdat hij onder meer 1,8 miljoen euro uit de armenkas van zijn parochie geplunderd zou hebben. In Gods naam schetst een onthutsend beeld van de katholieke kerken haar leiders.