De oprichters Jan Benthem en Mels Crouwel ontmoetten elkaar in 1979 op de TU Delft, waar een van de hoogleraren hen aan elkaar voorstelde, omdat hij dacht dat ze een goed team zouden vormen. Ze begonnen in hetzelfde jaar hun bureau Benthem Crouwel Architekten vanuit een kleine kelder in een Amsterdams grachtenpand.

Een belangrijk project in de beginfase was het eigen woonhuis van Benthem in het project De Fantasie in Almere (1982-1984), dat later is uitgebreid. In die tijd ontving het bureau een serie opdrachten voor douane-emplacementen op de grens tussen Nederland, België en Duitsland. Deze lijken qua constructieopzet en kleurstelling veel op het woonhuis.

Na enkele projecten op het terrein van Schiphol, waaronder een fietsenstalling, kreeg Benthem Crouwel in 1986 opdracht voor het masterplan voor de luchthaven, in samenwerking met NACO (Netherlands Airport Consultants). Sinds 1989 is Benthem Crouwel toezichthoudend architect voor Amsterdam RAI.

Daarnaast heeft het bureau musea, publieke gebouwen en vervoersprojecten gerealiseerd. Enkele voorbeelden zijn het Anne Frank Huis in Amsterdam (1999), de Ziggo Dome in Amsterdam, Museum De Pont in Tilburg, restauratie en uitbreiding van Las Palmas, Rotterdam (2008), Stedelijk Museum (2012), Datacentrum AM4 (2017) en twee kantoorgebouwen voor de Goede Doelen Loterijen (2019) en ING (2020).

Het bureau heeft aan de totstandkoming van een veelvoud aan infrastructurele projecten meegewerkt, zoals onder andere de Noord/Zuidlijn, de vernieuwing van het Centraal Station te Amsterdam, de OV-Terminal Utrecht, station Rotterdam Centraal en station Den Haag Centraal. Daarnaast ook bruggen, zoals de Muiderbrug, A1 Amsterdam - Rijnkanaal (2010) en de langste brug van de Hogesnelheidstrein bij Hollandsch Diep (2006).

Jan Benthem en Mels Crouwel ontvingen voor hun werk verschillende prijzen. Van 1 oktober 2004 tot 15 augustus 2008 was Mels Crouwel Rijksbouwmeester.