Het lelietheater speelt zich af in de jaren 1971-1974, de periode waarin de Culturele Revolutie haar hoogtepunt beleefde. In een zeer eigen en lyrische stijl beschrijft Lulu Wang deze turbulente wereld gezien vanuit Lian, een meisje van twaalf, dertien jaar. Vol verbazing beziet Lian het gedrag van de volwassenen om haar heen. Onder hen bevinden zich niet alleen verklikkers en opportunisten, sadisten en machtswellustelingen, maar ook mensen die zichzelf opofferen en mensen die hun integriteit niet verliezen. Tevens is Het lelietheater het hartverscheurende verslag van een onmogelijke vriendschap tussen twee meisjes uit verschillende kasten.

Lian behoort tot de eerste kaste; haar ouders zijn intellectuelen, en om die reden verbannen naar strafkampen. Nadat bij Lian een huidziekte is geconstateerd krijgt ze toestemming om zich bij haar moeder te voegen. In het kamp weet ze zich omringd door de crème de la crème van de Chinese intellectuelen. Ze krijgt onder meer les van de beroemde professor Qin; haar lessen vertelt ze door aan de kikkers en krekels in een achter het kamp gelegen meer, dat ze tot 'lelietheater' heeft omgedoopt.Kim behoort tot de derde kaste: haar ouders zijn straatarm en wonen in de 'modderhuisbuurt' van Peking. Ondanks Mao's 'verheffing' van de laagste kasten is Kim de verschoppelinge op de school van Lian; ze wordt tot op het bot vernederd door haar klasgenoten. Op het moment dat Lian de brug naar de vriendschap heeft geslagen, verdwijnt Kim van school om op een verschrikkelijke manier wraak te nemen.