Maria da Luz is de 13-jarige dochter van een bordeelhoudster in Lissabon. Wanneer die stad op 1 november 1755 grotendeels vernield wordt door een zware aardbeving, ontsnapt Maria op het nippertje aan de dood. Ze wordt opgevangen door een familie van vrijdenkers die helemaal in de ban zijn van de prille Verlichting, maar daar heel discreet over zijn uit vrees voor de alomtegenwoordige Inquisitie.

Ze voeden Maria op, leren haar lezen en brengen haar in contact met de ideeën van filosofen als Spinoza en denkers als Diderot. Het meisje ontwikkelt een kritische geest en gaat zich steeds meer vragen stellen bij het onwrikbare geloof van haar stadsgenoten die ervan overtuigd zijn dat de aardbeving een straf van God is geweest voor hun zonden.

Terwijl de stad heropgebouwd wordt door de man die later de titel van markies van Pombal zou krijgen, raken steeds meer mensen ervan overtuigd dat de aardbeving geen vingerwijzing van God is geweest, maar een natuurverschijnsel. Beetje bij beetje lijkt de Verlichting veld te winnen bij een deel van de bevolking, al blijven de Inquisitie en de donderprekers de mensen bedreigen met onheil en hellevuur.

Misschien is Maria iets te enthousiast over de nieuwe wind die door Europa waait. Wanneer ze zich inlaat met de smokkel van door de Kerk verboden boeken werkt ze zichzelf in de problemen en komt ze in contact met de Inquisitie.