In De organisatie van de bezetting analyseert Henk Flap hoe de Duitse bezetting van Nederland tijdens de Tweede Wereldoorlog bestuurlijk en organisatorisch was ingericht. Het boek richt zich niet zozeer op gebeurtenissen, maar op de structuren, instellingen en machtsverhoudingen die het functioneren van de bezettingsstaat mogelijk maakten.

Flap beschrijft hoe de Duitse autoriteiten, onder leiding van rijkscommissaris Seyss-Inquart, een civiel bestuur opzetten dat grotendeels steunde op bestaande Nederlandse instituties. Hierdoor kon de bezetter met relatief weinig Duits personeel toch verregaande controle uitoefenen. Het boek laat zien hoe ministeries, politie, rechtspraak en ambtenarij werden ingeschakeld bij de uitvoering van Duitse maatregelen.

Een belangrijk thema is de rol van samenwerking en aanpassing: Nederlandse functionarissen bleven vaak op hun posten, wat de continuïteit van bestuur waarborgde maar ook morele dilemma’s opleverde. Flap besteedt aandacht aan de geleidelijke radicalisering van het bezettingsbeleid, vooral op het gebied van repressie en de vervolging van Joden.

Daarnaast onderzoekt het boek hoe bevoegdheden, verantwoordelijkheden en informatiestromen waren georganiseerd en waarom dit systeem aanvankelijk effectief functioneerde. De organisatie van de bezetting biedt zo een analytisch en sociologisch perspectief op de bezetting en maakt duidelijk hoe bureaucratische structuren een cruciale rol speelden in het dagelijks functioneren van de Duitse overheersing in Nederland.